第一任醫學系主任 李明亮 教授 83.05.01~85.07.31
第二任醫學系主任 張世忠 主任 85.08.01~89.07.31
第三任醫學系主任 賴其萬 主任 89.08.01~90.07.31
第四任醫學系主任 王本榮 主任 90.08.01~95.03.31
第五任醫學系主任 石明煌 主任 95.04.01~95.07.31
第六任醫學系主任 許明木 主任 95.08.01~101.02.29
第六任醫學系主任 楊仁宏 院長(代理) 101.03.01~101.07.31
第七任醫學系主任 陳宗鷹 主任 101.08.01~109.07.31
第八任醫學系主任 陳新源 主任 109.08.01~迄今