一、申請
醫學系於二年級之下學期期中考前一週向各碩士班提出申請。
申請表：學生修讀學、碩士一貫學程申請表
二、修課規定
- 大學期間所選修之研究所課程，可依本校學生抵免學分辦法辦理研究所學分抵免，但研究所課程若已計入大學部畢業學分數內，不得再申請抵免碩士班學分數。
- 醫學系部份必修課程可申請免修碩士班課程，可免修課程洽各碩士班主任，免修標準由各碩士班決定。
免修：不用修該課程，亦無法取得該課程學分，學生須另修課程補齊碩士班必選修之畢業學分。
抵免：不用修該課程，可取得該課程學分。 - 生物醫學文獻選讀：醫學生選修任一碩士班開設之「生物醫學文獻選讀」，可抵免醫學系所屬碩士班課程「專題討論」，至多2學分。(表一)
表一：生物醫學文獻選讀開課學期及單位
| 學期 | 課程名稱 | 必/選 | 學分 | 開課單位 |
| 第1學期 | 生物醫學文獻選讀 | 選 | 1 | 微免碩 生解碩 |
| 第2學期 | 生物醫學文獻選讀 | 選 | 1 | 生化碩 藥毒碩 |
備註：
1. 生理碩：可抵免本碩士班專題討論(一)、專題討論(二)、專題討論(三)3擇2，因學生於專題討論(四)課程中需報告研究成果，故不接受抵免。
2. 生化碩：可抵免本碩士班課程專題討論(一)、專題討論(三)